药师咒全文及注音：

nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。

南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薜琉璃。

bō lā pó。hē lā shé yě。dá tā jiē duō yē。

钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多耶。

ā lā hē dì。sān miǎo sān bó tuó yē。

阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。

dá zhí tā。ān。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì。suō hē。

怛侄他。唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝。莎诃。

药师咒发音注解：

南谟：读作(nā那 mó摩)，或读(ná拿 mó摩)(今人读此音居多)，是“南无”的不同音译词。

薄：读音为(bó伯)。

鞞：有三种读法：(pí皮)、(bǐ比)、(bǐng丙)。这里念(pí皮)比较合适。因鞞通毗，“鞞杀社”，也译成“毗煞社”;“阿鞞跋致”，也译成“阿毗跋致”;“鞞嚧社那”，也译成“毗卢舍那”。(见《佛学大辞典》。)

窭：读作(jù巨)。

薜：读(bì毕)。

喇：古读(là辣)，见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读(lǎ)(lā)(lá)。

喝啰阇也：此句中的“喝”，应读成(hé合)，古音“合”。

阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以应该读作(hē诃)。

啰：各地多读成(là辣)，此字与喇通假。

阇：读作(shé蛇)。

怛(dá答)他(tuō拖)揭多也。

怛(dá答)侄(zhí直)他(tuō拖)。

唵：读(ōng嗡)或读(ǎn俺)。藏语系佛教读(ōng嗡)音，汉语系佛教多读(ǎn俺)音。

三没(mó古音模)揭帝莎(suō通娑)诃。

药师咒释义：

南谟薄伽伐帝，鞞杀社窭噜，薜琉璃，钵喇婆，喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿啰喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵!鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，娑诃!

南无 --皈依礼敬，有时简短说【皈命】。

薄伽伐帝 --即是【世尊】“薄伽梵”另一音译。因此念时帝音是轻声的 t音。

杀社 --“社”字发音现在有人注为“及牙--连音”，其实社字用台语发音(西牙连音)就很正确了。意思是【药】。

噜 --【师】现在也用“古鲁”。

薜琉璃 --这句也音译为“排都里牙”，即是【琉璃】

钵喇婆 --【光】的意思。

喝棉也 --【王】，因为药师佛为东方七佛之首(这依世尊提及的顺序而列)。

怛他揭多也 --【如来】(也译“打他噶打牙”)

阿棉喝帝 --【应供】

三藐三勃陀耶 --【正等正觉】

怛侄他 --【即是】也译为“所谓”。

身语意 --【三身皈命】，即“真正的咒心”，真言门用来启动咒语之用。

杀逝、杀逝--【药、药】，“逝”(读音“接”)为多数词连用时的变音

杀社 --【药】，单用或连用一字时的结束词。

三没揭谛 --【自度度他】。“没”字音为“墨”字，有译为“母尔”。

娑诃 --【圆满达成】。也译为梭诃，或其它如“娑婆诃”等。

所以整句咒的意思是：

【皈命世尊药师琉璃光王如来应供正等正觉，即是三身皈命药、药、药，自度度他，圆满达成】

所以药师如来有三种药，身药、语药、意药，身药找医师，语药靠慈悲，意药便是清净心，三药能去病，三业障难自然消除，是不是很有道理?